成立于1988年，前身为云南省社会福利有奖募捐委员会办公室，2001年更为现名，是云南省民政厅的直属事业单位，具有独立的法人资格，财务实行独立核算，经费自理。由中国福利彩票发行管理中心实施业务领导，负责在本行政区域内组织发行福利彩票，建设和管理福利彩票销售网络，落实销售计划，统一归集社会公益金和发行费，并按规定及时足额解缴财政。对全省16个州市级福利彩票管理中心实施业务管理。

云南省福利彩票发行中心共设1办6部，分别是：办公室、市场一部、市场二部、宣传部、技术部、财务部及培训部。各部门的工作职责是：市场一部主要负责电脑福利彩票的销售管理和基层投注站点的管理；市场二部主要负责即开型福利彩票及中福在线销售厅的销售管理；宣传部主要负责福利彩票发行的营销宣传工作；技术部主要负责彩票销售系统、机构办公系统的设备及网络等方面的技术维护和管理工作；财务部主要负责中心的财务管理工作；培训部主要负责省中心培训中心大楼的经营管理工作；办公室主要负责中心行政事务、安全保卫、文秘等工作。

云南省福利彩票发行中心拥有ISO9001：2000质量认证，于2005年8月11日取得由认证机构颁发的《质量管理体系认证证书》。