异噬作用溶酶体对外源性异物的消化过程称为异噬作用（heterophagy）。

细胞外物质（如作为营养成分的大分子颗粒物质、细菌、病毒等）经吞噬作用或吞饮作用进入细胞，形成吞噬体（phagosome）或吞饮泡(pinocytotic),它们与初级溶酶体相融合后成为次级溶酶体。次级溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，被分解为小分子物质，小分子通过溶酶体膜上的载体蛋白转运到细胞质中，供细胞代谢使用。未被消化的物质残留在溶酶体中，形成残余体。