一江两河自然保护区(规划中的):该保护区是目前正在规划的以保护黑颈鹤主要繁殖地为重点,以申扎黑颈鹤繁殖地为中心的涵盖西藏黑颈鹤其他栖息地和冬季采食地的永久保护区与季节性保护点相结合的自然保护区群,其范围包括那曲、阿里、山南、林芝、昌都、日喀则等6个地区和拉萨市的41个县。整个保护区由中心保护区、卫星保护区和季节性保护区组成,其中卫星保护区由4个较大的湖泊湿地保护区和一些零散的湿地保护区(暂未划分功能区)组成。青藏铁路在安多和那曲附近穿越了其一些零散的湿地保护区共61.1km(喀隆湿地3.7km,阿贡湿地北片32.5km,阿贡湿地南片24.9km)。季节性保护区中将黑颈鹤过夜和休息的河流湿地划分为季节性核心区,将采食的农田划分为季节性缓冲区,青藏铁路在拉萨河中下游穿越季节性缓冲区17.1km。

青藏铁路共穿越规划中的一江两河自然保护区78.2Km。