扬州大学海洋科学与技术研究所是扬州大学于2009年9月在香港科技大学海岸海洋实验室）和日本神户大学海事环境管理实验室帮助下开始筹备，并与2010年7月正式成立。

研究所主要针海洋活性天然产物开发、对海洋生物资源开发、海洋环境生物学基础理论、海洋环境化学、海洋资源管理等方面开展理论研究和技术开发工作。研究所2010年7月成立后，研究团队已经主持承担了国家自然科学基金3项，教育部科学技术重点项目1项，江苏省自然科学基金1项，江苏省教育厅自然科学基金2项，其他各类纵向科研项目近10项。

研究所成立后，重视海洋科学与技术人才的培养，目前在研究所工作和学习的博士、硕士、本科学生20余人。并于2011年3月获得教育部批准，自2011年9月招收“海洋生物资源与环境”专业本科生，培养海洋科学与技术专门人才。