杏林区历史上分属龙溪县(前海澄县、今龙海市)和同安县。

杏林区的新垵、惠佐、林东、许厝、霞阳、田边、翁厝7个自然村(社)隶属龙溪县，宋为永宁乡新恩里三都，明嘉靖四十五年(1566年)从龙溪县析出置海澄县，属海澄县四里三都七图新垵保。清袭明制，直至民初仍属海澄县三都。民国25年(1936年)改制设区、镇、乡，属海澄县第四区霞阳乡、新江乡。解放初属海沧区。1958年底划归厦门市郊区海沧镇。1978年为杏林区杏林公社的新垵、霞阳2个大队。

杏林区原属同安县的自然村(社)有43个。宋为安仁里明盛乡，曾营、杏林、高浦、西亭属旧十四都，前场属旧十五都，窑山、锦园、市头、马銮、西滨、蔡林属旧十六都。上述自然村均属同安县灌口区。1957年3月划归厦门市郊区。翌年设杏林公社，1964年增设杏林镇，均由厦门市郊区管辖。

1978年9月1日正式挂牌成立杏林区。建区初期，辖地从郊区划出杏林镇和杏林公社组建，政区面积65.41平方公里。1980年下辖杏林公社和杏东、杏西两个街道办事处。杏林公社下辖杏林、曾营、高浦、锦园、内林、前场、西亭、马銮、西滨、霞阳、新垵共11个大队。1984年底，杏林公社改为杏林镇，杏西、杏东两个街道办事处合并为杏林街道办事处，辖龙泉、日东、三秀、杏玻、纺织、东风、杏糖、白鹤、杏堤、文华等10个居民委员会。1986年底，曾营村委会改为居委会。

1995年，全区面积65.41平方公里，辖1个街道办事处、1个镇、11个居民委员会、10个村民委员会。