兴业银行南京分行(以下简称“南京分行”，原名福建兴业银行南京分行，2003年3月3日更为本名)经中国人民银行批准于2000年8月开始筹建，2001年1月8日正式开业，是本行在长江叁角洲地区设立的第叁家分行，也是本行跨入新世纪后设立的第一家省级金融机构。

2008年5月7日，南京分行第二家异地分支机构——苏州支行正式对外营业。为客户提供一个虚拟的金融服务网络。南京分行相继开通了电话银行、网上银行、手机银行、24小时自助服务区等虚拟和自助网络，发行了兴业卡和兴业信用卡，加入了江苏银行卡网络，为客户提供了超越时空的金融服务平台，极大地方便了客户办理各种金融业务的需要。为客户提供一个现代化金融服务体系。南京分行着力建设一个以客户经理和综合柜员为主的、具有兴业银行特色的客户服务体系，一名客户经理即可以办理所有的信贷业务，一名综合柜员即可以办理所有的柜面业务。同时，为切实提高服务质量，加强监督，还制订了柜面服务规范，建立了投诉处理机制，并设立了投诉中心和24小时服务投诉热线。