新疆医学院学报1978年创刊，为半年刊。1982年后改为季刊。1984年经新疆维吾尔自治区党委宣传部批准为公开发行。1988年经国家科委批准为国内公开发行。

新疆医学院学报是由新疆医学院主办的综合性医学学术刊物。主要报道本院基础医学、临床医学、药学、预防医学等方面的科研成果和新经验、新技术，力求突出新疆地方病、多发病、常见病的预防与治疗特色。以促进学术交流，传播科研信息，培养人才，繁荣医学科学事业为宗旨。本刊在1989年全国医（药）院校学报质量评比和中国高等院校自然科学学报优秀编辑质量评比中获三等奖，获“1995年新疆科技期刊质量评比二等奖”。