新疆医科大学图书馆的前身是始建于1956年的原新疆医学院图书馆。1998年与原新疆中医学院图书馆和并，成立了新疆医科大学图书馆。2006年扩建新馆，馆舍面积达15000多平方米。新疆医科大学图书馆现有在职人员47人，其中教授1人，副研究馆员6人。2006年开始引进硕士毕业生，现有硕士学位者9人。根据学校十二五规划，到2015年图书馆具有硕士学位的馆员将达到全馆人员的三分之一以上。

11新疆医科大学图书馆内设综合业务、采编、流通、阅览和信息技术五个部门和文献检索教研室。建有书库8个（其中：综合库3个，工具书库、线装古籍书库、中医书库、社科书库、外文书库各1个）；过刊库9个（其中：医学过刊、检索过刊库各2个，外文过刊库3个，中医药、社科过刊库各1个）；报纸库1个。开架借阅区2个；期刊阅览区1个；自习区9个。各类读者座位1508个，供读者使用的电脑有600台。 2008年开通了Dialog国际联机检索系统。能为读者提供借阅、文献检索、科技查新、科技中介、引文检索、文献传递、打印、复印、扫描、装订、自习等多类型、多层次的服务。

截止2010年底馆藏纸质图书达125.5万余册（其中：外文图书51732册；民文图书49902册；线装古籍4460册）。涵盖了医学、生命科学、人文、社科以及经济和管理科学各主要门类，尤以医学和文艺方面的图书收藏丰富。新疆医科大学图书馆每年订阅专业期刊、社科类期刊近1400多种。订阅各类报纸 60种。图书馆收藏有较丰富的电子文献资源，购置了11个中外文全文、书目数据库，内容涉及医学、药学、生物、教育等领域。现有电子图书12万种。

自2000年起，新疆医科大学图书馆局域网开通。引进汇文系统后实现了采访、编目、典藏、借阅、期刊管理、OPAC查询等文献信息服务的自动化。2005年在改善网络硬件建设、更新主页之后，形成了功能齐全、服务便捷的网络环境。2006年引进金盘系统实现了电子阅览大厅自助式管理。2010年中央财政对地方高校支援项目中新疆医科大学图书馆网络数字资源项目700万建设在即，新一代基于知识管理的数字图书馆，通过对各种形态数字信息资源和各种资源服务方式进行多种方式的整合和自动化协同工作，构建一个分布式的开放的综合文献服务环境，能够向不同类型的读者提供多层次、个性化和一站式的综合文献导航、检索与获取服务，及配套的统一用户认证与结算服务。图书馆将实现千兆接入；新建由300台计算机组成的自助电子阅读区1个；VIP研究室1个；实现自助打印、复印、扫描、图书借还服务。中心机房新增服务器 6台，存储空间达到52T。

新疆医科大学图书馆是新疆维吾尔自治区科技厅授权的医学类科技查新和科技中介机构，承担着全疆医药卫生科研工作的立项查新、成果查新和成果初审服务。2008年起正式试行学科馆员制度，聘请医药类学科馆员11名，能为读者及时提供参考咨询服务，每年完成立项查新和成果鉴定查新近500份。

从2000年起新疆医科大学图书馆文献检索课成为指定选修课，在全校各专业、各班级开设。教学手段已由十年前单纯的手工检索发展为现在的计算机检索。目前开设有《医学信息检索》、《医学情报分析与研究》、《信息组织》、《科研课题查新咨询》《文献检索与文献分析》、《文献检索与利用》《档案学管理》等7门课程。

新疆医科大学图书馆依据国家教育部《普通高等学校图书馆规程》的规定，已发展成为我国西部高等医学教育服务中心之一，具有较强中西医文献信息服务功能，基本实现自动化管理的高校图书馆。是中国高等教育文献保障系统（CALIS）新疆维吾尔自治区信息服务中心的主要成员馆之一，是新疆维吾尔自治区高校图书工作委员会常务成员馆，是新疆维吾尔自治区图书馆学会的理事单位，新疆情报学会的理事单位，是新疆维吾尔自治区医学信息中心。