新疆维吾尔自治区自然生态保护基金委员会由自治区人民政府直接管理，属自治区人民政府直属事业单位。是我国第一家地区级自然生态保护基金。

主要职能：制定和实施自治区自然生态保护项目的资助计划，筹措、运营、管理自治区自然生态保护基金，为区域内自然生态保护提供基金保障，从事自然生态保护宣传、教育、科研、生态治理、生态技术交流、示范、生态保护基金保值、增值、投资等工作。

目前，自治区自然生态保护基金委员会分别与吐鲁番地区、哈密地区共同组建了“自然生态保护协调小组”， 以通过优势互补、资源共享互利共赢新格局，全面提升当地自然生态保护工作，促进自然生态与资源的有效利用和合理共享，实现开发布局合理、规模不断扩大、资源开发利用水平进一步提高、生态环境显著改善，区域整体自然生态质量和可持续发展能力大力提升。

如今，吐鲁番地区行政公署与生态基金委员会积极合作，在骆驼刺分布较多、长势较好的艾丁湖地区建立了160万亩骆驼刺生态保护示范基地，积极开展骆驼刺各项调查研究和生态保护工作，从而保护地区生态环境，实现可持续发展。

新地税函〔2007〕396号 规定 认定新疆维吾尔自治区自然生态保护基金会捐赠税前扣除资格