1978年，自治区科协根据本区微生物学科技队伍的状况和要求，决定筹备自治区微生物学会。由吴祖银教授牵头筹备工作。经过一年的努力，对自治区微生物科技队伍初步摸了底，登记了第一批预备发展的会员，商定了学会的挂靠单位和推荐理事的单位，草拟了学会的章程草案。

1979年9月19 日至25日在乌鲁木齐召开了新疆维吾尔自治区微生物学第一次会员代表大会，与会代表61名，批准了166名会员，选举了由17名理事组成的首届理事会。理事长为徐文哲，副理事长为魏柳根、吴祖银、何国协、张延盛，秘书长为石玉瑚。会议同时进行了学术交流，收到论文30多篇。1983年8月18日至21日召开了第二次会员代表大会，与会代表80人，会员190名，交流论文46篇，修改了章程，选举了由17名理事组成的理事会第二届理事会。理事长为魏柳根，副理事长为吴祖银、何国协、张延盛，秘书长为石玉瑚；1986年8月12 日至16日召开了第三次会员代表大会，与会代表91名，交流论文53篇，会员220名，选举了第三届理事会。选举了由19名理事组成的第三届理事会，理事长为石玉瑚，副理事长为杨鸿超、王飞党、谷登丰，秘书长为黄磊。1992年10月2日至6日召开了第四届会员代表大会，与会代表101名，交流论文72篇，会员272名，选举了选举了由21名理事组成的第四届理事会。理事长由石玉瑚连任，副理事长为杨鸿超、王正党、谷登丰，秘书长为张晓东。1998年6月20日至24日召开了第五次会员代表大会，与会代表121名，交流论文97篇，会员360名，永久会员23名，集体会员5个单位，选举了第五届理事会。理事长仍由石玉瑚连任， 副理事长为杨鸿超、王正党、谷登丰、付志华，秘书长由张晓东连任。

学会成立23年来开展了多种活动，曾邀请来自澳大利亚、法国、荷兰、乌克兰、亚美尼亚、哈萨克等11个国家16名的教授来新疆讲学，进行学术交流。还邀请了李季伦、田波、陈华癸、张树政、范云六、欧阳平凯等院士及26名著名教授来新疆讲学，举办过专题学习班21次，共有2000人次参加。同时由本会组织会员进行科普活动15次，范围遍及全疆21个地州县，对企业咨询服务活动19次，有28人参加，为新疆有关微生物产业发展做出了贡献。