新疆农业科学院微生物应用研究所正式成立于1979年，主要从事新疆特殊环境微生物资源及相关的生物制品开发等研究工作。在“八五”全国农业科研院所科研综合实力评估中，本所名列第46位，微生物学科排名第一。 本所设有发酵工程、基因工程、生物化工及微生物菌种保藏等专业研究室；建有自治区重点开放实验室—新疆特殊环境微生物实验室。本所实验室仪器设备齐全，中试设施先进。设有国际政府间合作机构：中国新疆－亚美尼亚生物技术研发中心；建有自动化水平先进的发酵工程研究中试车间，被命名为国家级发酵工程引智成果推广示范基地；本所是自治区级工程技术研究中心—新疆特殊环境微生物工程技术研究中心的技术支撑单位，也是新疆自治区微生物学会挂靠单位。