新疆环境保护监测总站成立于1976年5月22日（见中共新疆维吾尔自治区新党发（1976）21号文），于1981年2月26日更名为新疆环境监测中心站（见自治区编委会新编写（1981）06号文），于2006年10月26日更名为新疆环境监测总站（见自治区编委会新编写（2006）151号文），为自治区环保局下属的全民所有制公益性科研技术事业单位，是独立法人单位。现有职工97人（其中在编人员92人，聘用专业技术人员5人），教授级高工1名，高级工程师9人，工程师37人，助理工程师29人，非专业技术人员23人，专业技术人员占78.4%

本站位于乌鲁木齐市北京南路38号，占地面积6620平方米，监测业务用房4135平方米，拥有与监测工作能力相适应的监测仪器设备250台件，有原子吸收分光光度计、气相色谱、液相色谱、色质联用、离子色谱、原子荧光光度计、红外、紫外可见分光光度计、红外测油仪、总有机碳测定仪、烟气测试仪、声级计、监测车、微机等，固定资产约为1282万元。新疆环境监测中心站是国家环境监测网络一级站，是本区环境监测的网络中心、技术中心、数据中心。本站下设10个科室：办公室、综合业务管理室、环境测试中心、环境应急（现场）监测中心、生态环境监测中心、污染源监测中心、大气环境监测中心、水环境监测中心、环保验收监测管理室、室内环境监测室。 本站的组织机构能适应国家一级站的监测工作需要，内部管理有序，制度健全，各部门职责明确，质量管理体系运转基本正常，能确保环境监测数据的公正性。

本站于1989年通过省级计量认证，1996年又通过国家级计量认证，2001年通过五年到期复查，获国家质量技术监督局颁发的计量认证合格证，证号：（2001）量认（国）字[U 14747号]。现能开展水和废水、环境空气与废气、室内空气、生物、土壤、固体废物、机动车排放污染物、噪声、振动等七大类136个监测项目。

本站的主要工作任务：

1．参与制定全区环境监测规划和年度计划，参与制定全区的环境标准和技术规定，负责编写全区的环境质量报告书。

2．组织实施全区环境质量监测，系统地掌握和评价全区环境质量状况及发展趋势。

3．组织承担全区生态环境质量监测，系统地掌握和评价全区生态环境质量状况及发展趋势。

4．组织实施全区污染源监测，承担全区重点污染源监督性监测，及时、准确地掌握全区污染源排污状况及变化趋势，为环境管理提供执法依据。

5．为政府部门执行各项环境法规、标准、全面开展环境管理工作、编写和发布各类环境质量报告提供准确、可靠的监测数据和资料。

6．为实施强化环境管理八项制度做好技术监督和技术支持工作。

7．负责全区环境监测网络建设与全区环境监测质量管理，负责全区监测网的组织协调及业务技术的交流、指导、培训和考核。

8．组织承担全区范围内环境应急监测、环境污染事故监测、建设项目环保验收监测、综合性环境调查及污染纠纷技术仲裁。

9．对社会开展环境监测和技术咨询，为社会和经济建设提供环境技术服务。

10．开展环境监测科学技术研究，预测环境变化趋势，并提出污染防治对策。