1993年6月18日，新疆兵团医药公司成立。公司注册资本3560万元人民币，股权比例为农二师国资委占50%，南京医药股份有限公司占40%，自然人王文炳占10%。经营范围：中药材、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素原料药及其制剂、生物制品、麻醉药品、精神药品、医疗器械等。公司是国家批准的中央医药救灾储备承储企业。2001年6月，公司成为全国首批、兵团首家通过国家GSP认证的药品经营企业。2007年，公司再次通过GSP重新认证。

公司现有控股及参股企业三家，分别是新疆兵团医药零售连锁有限公司、新疆奇康哈博维药有限公司、《医药保健》杂志社。

公司现有11个部门，员工76人（含南京医药派遣人员）。目前，公司具有可流转30亿元以上销售额的15000平方米的仓库、营业及办公场所，建立了符合GSP标准的质量管理体系和适应发展要求的组织机构、制度体系、流程控制、人才管理、信息管理等安全运营保障系统。

2008年11月29日实现了南京医药和兵团医药公司的重组，并注入资金、人才、产品、信息、理念、创新经营模式、现代化管理模式等各种优势资源，快速壮大了其实力。按照十七大精神和“敬业诚信，服务健康”的经营理念，公司将通过药事服务创新模式推广，在建立全兵团药品供应保障体系、整合兵团医药市场资源、扩展全疆医药市场方面发挥主体作用。