咸宁学院档案室是咸宁学院独立设置的副县级机构。主要负责永久保存和提供利用学院教学、科研、行政管理、党务活动中形成的各种载体的档案。档案室下设电教档案分室，教师业务档案分室和第二附属医院档案分室。档案工作由学院一名副院长主管。

学院档案管理实行部门立卷制度，下设41个立卷部门，各个部门设兼职档案员1名，其业务工作受学院档案室指导，负责向学院档案室提供本部门上年度形成的各 种载体档案材料。学院全部档案按照原国家教委颁布的高等学校档案实体分类方案进行管理，档案管理的主要原则是实行3全室管理，即咸宁学院全宗（全宗号xxy），原咸宁医学院全宗（全宗号114），原咸宁师专全宗（全宗号112），每个全宗中包含党群、行政、教学、科研、设备、外事、基建、出版、产品、财会、声像等11大类实体档案。相对应的实体分类号分别为dq、xz、jx、ky、sb、ws、jj、cb、cp、ck、sx。

学院档案室现有工作人员5人，库房面积275m2，库存档案12737卷（截止到2004年），配备了微机、复印机、数码相机、扫描仪、空调、去湿机等现代化办公设备。

在学院领导和学院各部门的大力支持下，学院档案室管理工作在原国家二级基础上取得了新成绩。2002、2003年连续二年被评为咸宁市归档先进单位，档案统计工作受到省档案局通报表扬。现在学院档案室将管理工作的重点转移到档案管理现代化和信息化方面来，2004年学院档案室购入了3台微机，1台扫描仪，1台刻录机、1台防磁柜，升级了档案管理软件，建立了学院档案网站，并将2003年全部室存档案数字化， 上网 运行，档案室计划在数年内将全部室存档案数字化并上网运行。同时，学院电子档案收集、整理工作也已经起步，学院制订了《咸宁学院电子档案管理办法》。学院档案室的目标：未来几年内 使档案管理工作在科学化、规范化、信息化道路上再上一个新台阶，将档案室建设成为学院档案信息中心，为全体师生员工查询、利用档案提供更快捷便利的服务，使档案管理工作为学院教学、科研、管理等工作做出更大贡献。