民国26年7月，国民县政府卫生院设立防疫机构，开展传染病防治工作。1941年增设卫生稽查员，管理食品卫生。1950年县人民政府接管县卫生院，设立防疫组。1953年，省驻仙游的“鼠防七机队”与县卫生院防疫组合并，成立仙游县鼠疫防治站。1958年8月，县鼠疫防治站与县妇幼保健站合并，成立仙游县防疫保健站，1986年析出妇幼保健站，设立县卫生防疫站。1975～1991年，先后建有防疫综合楼、检验楼、员工宿舍楼以及动物室、库房等防疫用房，面积3500平方米；购置充实实验室设备，配备防疫和冷链专用车。1992年全站人员67人，其中，中级职称医师14人。设有行政科、宣传科、卫生监测科、食品卫生科、流行病防治科、防痨科、地方病防治科、检验科8个科室以及预防门诊室和消杀门市部。