男，福建泉州人，1935年3月出生。1955年1月毕业于集美水产航海学校航海科，分配到青岛航运局船上实习，1957年调广州海运局，先后任三、二、大副和船长职务。1974年调中海石油南方船舶公司担任船长，1979年担任副总船长，1984年兼任公司副经理。1985年加入中国共产党，同年晋任总船长。他刻苦钻研业务，精益求精，技术高超，1983年在南海石油开发中，首次要实施“井口复位”作业，外方对中方不信任，提出要请外国专家，公司坚持由吴章辉承担此任，结果是完全按设计要求一次成功，受到外方的高度评价。其后又陆续三次成功实施该项作业，从而填补了国内该技术的空白。之后每当有新作业要实施，公司都指定吴章辉担任。在实践中他为公司带动、培养了一支能干的队伍，先后顺利完成海上钻井平台拖航、就位；水下井口复位；水面上井口复位等作业八十多次。1988年被评定为高级工程师。1989年至1992年曾任21万吨超大型生产储油巨轮船长自航往返新加坡，为海洋石油的开发节约了大量外汇。1992年获国务院授予“突出贡献奖”，并获国务院政府特殊津贴。其事迹入编《中国专家大辞典》和《广东高级专家大辞典》。