吴秘（生卒年月不详），字君谟，北宋福建建安人。

宋景祐元年(1034)进士。历官侍御史知谏院，后出任豪州知府，提点京东刑狱。吴秘好学，以钻研经典闻名。他所注《扬子笺》和著《周易通解》五卷，为宋廷重视，经太玄参政孙忭的推荐，上书奏明皇室，曾令收入内库，列为珍贵藏书。

吴秘研究《春秋》，把公羊、谷梁、左氏3家的著述作纵横对比，发掘其异同，早想写《春秋集解》来抒发自己的见解。可是身为朝官或出任知府，官务缠身，无法专志致学，写作亦受制约，因而特地上表奏请充任比较闲余的郡官。果然得到朝廷的诏准，补同安太守，并且予以鼓励，批准他支取转运使俸禄。他如愿以偿，奋发疾书，著成《春秋三传集解》流行世间。宋代以郡官而支转运使俸禄的做法，就是自吴秘开始的。