丸井圭治郎（1870年－1934年），日本人文学者，专长为宗教研究。他最大的贡献是对於台湾宗教的调查与研究，例如以实用为主的童乩研究，至今仍是相关研究的最佳史料。

毕业自日本驹泽大学的丸井圭治郎於1912年前往台湾後，就持续从事当地宗教研究。至1925年离台返日从事教职前，他先後担任台湾总督府编修官及内务局社寺课课长；任内重要事迹即从事台湾各地宗教调查，并将成果公布於《台湾宗教调查报告书》。该报告书为台湾官方第一份全面性的宗教调查，颇具权威与实用性，也是至今研究台湾宗教或宗教史不可或缺的珍贵史料。

信仰为佛教的丸井圭治郎也与台籍人士江善慧师、沈本圆师、陈火、黄监等人於1921年创立南瀛佛教会。是该会的创教元老。