根据土居清良所着《清良记》的记载，土居氏祖上应当为纪伊国牟娄郡土居铃木党一系。氏源为穂积氏族铃木氏流

文治五年，其先祖铃木重家跟随源义经远赴奥州地区，重家嫡子千代松则托付伊予的河野通信。后来千代松（元服后名为清行）因其居住在宇和郡土居中村，故而以地为名，自称土居氏，而后其子孙也世代承继沿用此苗字。要说的是，在宇和郡这里，西园寺氏自镰仓时期以来一直作为领主行使着支配权，土居氏也因此成为了其下势力。不过，也有土居氏因身为代表所在的地方乡绅的土豪，而被西园寺收编一说。

活跃于战国时代的土居氏

土居清宗，（1482-1560）为伊予大森城主，西园寺十五将之一，一员不太为人所传唱的文武双全的勇将，做为其主家西园寺充实所倚重的武将而深得信赖。然而，当面对北面的宇都宫氏、南面的土佐一条氏，还有西方隔海相望的北九州之主大友氏等势力频繁的侵入，清宗也是异常的烦恼和头疼。每每敌人来袭，清宗均不知疲倦的奋力退敌。天文十五年三月，应西园寺实充的要求，清宗率领其一族前往石城，对城池进行整备。此间，分别于七月和十一月，大友方两度开展渡海攻击，均遭到清宗的迎击而被击退。但是，永禄三年（1560），石城再次遭到大友军攻击，年已78岁高龄的清宗奋力作战，终竭力战死，其子清贞也于此役阵亡。