天主教长崎总教区 （拉丁语：Archidioecesis Nagasakiensis、日语：カトリック长崎大司教区）是日本一个罗马天主教总教区，也是该国三个总教区之一。下辖福冈、大分、鹿儿岛和那霸四个教区。范围包括长崎县。2004年有教友67,728人、72个堂区、142名司铎。总主教为高见三明。

长崎是日本天主教早期的发展中心，禁教后仍然有教友秘密保持信仰。1865年再度为外界所知，史称“信徒发现”。1876年设代牧区，1895年设教区。1959年5月4日升为总教区。