（一）再克武昌

西征太平军取得湖口大捷之后，石达开、胡以晃等决定乘胜发起反攻。1855年2月16日，秦日纲、陈玉成等乘清军后路空虚，率部西进，击溃湖广总督杨霈所部清军万余人于广济。接着，连占蕲州、黄州，于23日第四次占领汉阳，杨霈逃往安陆。韦志俊率部自田家镇渡江，25日进占兴国，不久又进占通山、崇阳、咸宁，与秦日纲部会攻武昌。3月下旬，罗大纲率部复占江西饶州府，不久又回安庆，与皖南太平军范汝杰部会合，进占徽州府（今歙县）等地。

湘军水师自遭太平军打击之后，又于2月20日遭暴风袭击，沉船二十二只，毁坏二十一只，曾国藩令其余七十余只全数撤往武汉，“名为速剿上犯之贼，实则修整已坏之船”。这时，曾国藩的湘军已被分割于五处：水师之一部开赴武汉整修；一部困在鄱阳湖内，由曾国藩坐镇南昌，亲自督造大船，添募水勇，准备配合江西水师伺机出击；陆师塔齐布部五千人留驻九江外围，准备继续攻城；李元度部三千人留驻湖口外围；罗泽南部三千人往援赣东。此外，胡林翼部二千余人和王国才部三千余人则先后回援武昌。显然，曾国藩所统清军由于兵力分散，已被迫由进攻转入防御，由主动陷于被动。

从3月21日起，秦日纲、陈玉成部太平军围攻武昌。困守武昌的二千清军由新任湖北巡抚陶恩培督率。武昌被围后，清军急抽兵增援。数日内，城外援兵已达万人。4月3日，秦日纲与韦志俊等督军猛攻武昌。城内清军“争缒城走，外兵亦走”，而“水师固不任城守事”，仅“自保而已”。太平军直奔城下，“用缒城绳引而上”，占领武昌城，杀陶恩培等多人（一说陶赴水自杀）。1855年4月18日，清廷以胡林翼署理湖北巡抚，以李孟群为湖北按察使。胡林翼统率湖北清军，“屯金口，倚水师自保”，并“增募二千六百人，合王国才等军，号六千。”

太平军占领武昌后，陈玉成立即率兵一部进军鄂北，于4月上旬攻占安陆（后又失守）和云梦。5月12日，再次攻克安陆，杨霈退守随州。17日，西安将军札拉芬及副都统常亮在清廷一再督促下，率援军自河南抵随州。31日，陈玉成率军往攻，大败札拉芬等部于随州东南之五里墩，阵斩札拉芬。杨霈经枣阳逃往襄阳。6月11日，清廷将杨霈革职，湖广总督由荆州将军官文接任。14日，又命曾与北伐太平军作战的西凌阿为钦差大巨，督办湖北军务，并从山东抽调镇压北伐太平军的所谓“得胜之师”四千五百人至湖北，一千五百人至河南，加强这些地区的“堵剿”兵力。

6月10日，署湖北巡抚胡林翼督军四千余人分三路反攻武昌，与此同时，王国才率部反攻汉阳，彭玉麟部水师则助攻两岸。太平军略有损失，但击退了敌人的进攻。20日，秦日纲自武昌派太平军绕袭金口，抄胡林翼部后路，迫使胡部回援。其后，双方又多次交战，互有伤亡。9月7日，韦志俊率部自武昌出发，在通城、崇阳等地太平军的配合下，于9月12日攻占金口，同时击败李孟群部水师，迫使其退守新堤（金口西南）。9月18日，湖北太平军自汉阳分兵八路围攻胡林翼和王国才部于汉阳西南之奓山。清军大溃，经大军山退往新堤。太平军没有乘胜追击，使胡林翼得以重整旗鼓，卷土重来。

（二）转战江西

当西征军在湖北战场上捷报频传之际，活动于安徽、江西边境的太平军范汝杰部，于1855年4月中旬连占安徽婺源和江西弋阳，后又连克江西兴安（今横峰）、上饶、玉山等地。4月14日，湘军罗泽南部三千余人自九江经南昌驰援赣东，于5月6日陷弋阳，12日陷上饶，并在这一带与太平军周旋，直至7月18日才回驻南昌，后又奉命西援武昌。10月上旬，罗泽南率湘军五千人（除罗部外，曾国藩加拨参将彭三元等部一千五百人随往）由江西义宁州（今修水）进入湖北，于中下旬占领通城、崇阳，直逼武昌。当时，秦日纲已奉命由湖北返回天京；石达开、胡以晃、黄玉昆率领的太平军二万余人正自安庆进援湖北。11月1日，石达开军在武昌县之樊口登岸后，经金牛镇前往咸宁，以阻截罗泽南所率湘军。4日，石达开亲率二万人大败罗泽南部于崇阳壕头堡，彭三元等所部千余人全军覆没。5日，太平军克复崇阳。罗部退至蒲圻西南之羊楼洞，并与胡林翼派去的援军取得了联系。14日，石达开军复通城。

当石达开军进攻崇阳时，韦志俊率军近二万人由纸坊进抵蒲圻。石、韦二人约定分路攻取湖南，抄袭湘军的老巢。但是，石达开不久便改变上述计划，他见湘军全力救援武汉，江西兵力空虚，决定采用“围魏救赵”之策，进军江西，威胁曾国藩的南昌大营，以调动湘军，减轻湖北太平军的压力。石达开把对付罗泽南部湘军的任务交给韦志俊（韦部不久即败退武昌），自率三万人于11月24日折入江西。12月9日，石达开军进占江西新昌（今宜丰），与从广东北上的天地会起义武装周培春、葛耀明等部数万人会师，声势更壮。接着，分兵连占上高、瑞州、新喻（今新余）、峡江、樟树镇（今清江）等地，威逼南昌。坐镇南昌的曾国藩，因石达开部逼近，于12月下旬急调围攻九江的周凤山部湘军（塔齐布于8月30日暴病而死，由副将周凤山接统九江外围湘军）五千人回援南昌，并调鄱阳湖内水师防守赣江。于是，被敌人围困几近两年的九江得以解围。鉴于南昌敌军兵力增强，石达开所率各部继续进攻南昌周围各府县，先后占领新淦（今新干）、奉新、分宜、宜春、吉水、永丰等地，以切断南昌清军与外围的联系，断绝其后方供应。

1856年（咸丰六年）1月11日，湘军周凤山部攻占樟树镇。2月9日，由武汉经衡州潜行至江西星子的道员彭玉麟也率内湖水师赶到樟树镇。22日，湖南巡抚骆秉章派补用知府刘长佑、同知萧启江分别率部自醴陵、浏阳增援江西，3月18日占萍乡，准备继续东进。“樟树镇者，西近瑞（州）、临（江），东接抚（州）、建（昌），（赣江）两岸之关键，省城（南昌）之咽喉”。因此，曾国藩“用全力扼守樟树镇，以保东岸，以卫省垣”。有鉴于此，石达开集中兵力，从3月22日起，向樟树镇发起攻击。24日，太平军四路围攻，尽破周凤山所部湘军营垒，杀敌千余。周凤山率残部逃奔南昌。曾国藩惊恐万状，再次奏请调回罗泽南所部湘军，力言“罗泽南在鄂，一时尚难得手”，“与其顿兵坚城，攻遥遥无期之湖北，又不如移师腹地，救岌岌将殆之江西。武汉两岸，三万余人，即无罗泽南一军，亦尚足敷防剿；江省西南与湖南、广东接壤，若不迅速殄除，实系三省无穷之患”。石达开率军由湖北转战江西，先后攻占数十座城镇，使西征战场上出现了一派大好形势。但是，正当南昌指日可下，曾国藩“呼救无从”、“魂梦屡惊”之际，洪秀全、杨秀清等从西征战场大量抽调太平军回救天京。4月，石达开率部二三万人经江西安仁（今余江东北）、万年（今万年西）、乐平出江西境，取道皖南，回援天京。太平军江西军务由卫天侯黄玉昆主持（后由韦昌辉接替）。此后，江西太平军基本上停止了进攻，从而给了困处南昌的曾国藩以绝路逢生的机会。太平军的西征作战，至此也就告一段落。

太平军历时三年的西征，经过浴血奋战，终于占领和保住了天京上游的安庆、九江、武汉三个重镇，以及安徽、江西、湖北的部分地区。这不仅在军事上使天京有了可靠的屏障，而且在经济上保证了天京的粮食供应，为尔后坚持更艰苦的斗争创造了一定的条件。西征作战之所以出现由胜到败和转败为胜的曲折过程，既有其客观原因，也与双方前线将领的作战指导密切关联。西征之初，太平军连战皆捷，便产生了轻敌速胜思想。武昌未下，即急于分兵，北攻荆襄，南下湘岳，将仅有的三四万军队，分向三处作战，结果南路军在湘潭骤遇强敌受挫，被迫节节后退，整个战局为之变坏。直至湖口之战，太平军集中了兵力，加强了指挥，并利用了湘军指挥上的错误，才得以转败为胜。

太平军在西征作战指导方面所产生的一些失误，自然与太平天国的领导者在定都金陵之后所作出的战略决策有关。仅以数万兵力，就想一举夺取皖、赣、湘、鄂四省，明显地存在着战略目标过大与兵力不足的矛盾。在轻敌思想支配下，必然产生分兵冒进的错误。而西征总指挥部又设在安庆，远离前线，不能及时准确地了解情况，实施正确有力的指挥，使多路分兵的后果更为严重；加之某些前敌将领缺乏独当一面的指挥才能，因而自湘潭战败后，便节节败退，几至不可收拾。转入反攻后，仍未克服多路分兵的缺点，虽然在湖北、江西战场上取得了不少胜利，但击溃敌人多，歼灭敌人少。由于以上种种失误，以致未能给尚处于初建阶段的湘军以彻底歼灭的打击，终于使这支地主武装得以不断发展，成为尔后致太平军以死命的劲敌。