四川中医药高等专科学校临床医学系现下设内科学教研室、诊断学教研室、外科学教研室、儿科学教研室、妇产科学教研室、五官口腔科学教研室、预防医学教研室共七个教研室和一个系行政办公室。

临床医学系师资力量雄厚，拥有教职工48人，专职教师34人，兼职教师14人。现有教授、主任医师3人，副教授、副主任医师17人，讲师、主治医师24人，博士在读1人，硕士5人（其中在读1人）。 “双师”型教师43人，占全系教师人数的90%。

临医系配备有内科、外科、妇产科、儿科、五官科等实训室。实验（实训）设施完善，设备先进；配备有价值近200万元的教学仪器和试验教学模型，可以满足诊断学、内科学、儿科学、五官科学、外科学、妇产科学等学科的实验教学。

课程设置及教学安排：按照部颁教学大纲和教学计划安排，课程分三大部分两个阶段：即第一阶段为理论课课堂讲授阶段，公共课程（第一学期完成）、医学基础课程（第二、三学期完成）、专业课程（第三、四学期完成）。第三学年进入第二阶段学期，全年进入临床教学医院进行临床实习。