作为口腔医学院5个系之一，口腔内科学系的前身是华西协合大学牙学院的牙体学、牙周病学、小儿牙科，建于1917年。1954年，按苏联口腔医学教育模式，由龋病学、牙髓病学、牙周病学、口腔粘膜病学组建成口腔内科学教研室。2007年，成立了口腔内科学系，设有龋病学、牙髓病学、牙周病学、口腔粘膜病学、儿童口腔医学、老年口腔医学、口腔预防医学七个教研室；以及牙体牙髓科、牙周科、口腔粘膜科、儿童口腔科、老年口腔科、口腔预防科6个临床科室。

口腔内科学系现有在编职工61人，其中博士生导师12人，硕士生导师14人， 教授/主任医师 17人， 副教授/副主任医师15人，讲师/主管护师23人，护师9人。教授中有国家级教学名师1人（周学东）；国家杰出青年基金获得者1人（陈谦明） ；教育部跨（新）世纪人才3人（胡涛、周红梅、叶玲）；全国百篇优秀博士论文的获得者1人（王智）。

口腔内科学系教师队伍整体素质好，理论基础和基本功扎实，热爱教学和学生，注重教书育人，富于团队精神，形成了严谨求实的系风，近年来不断增强改革创新的活力，教学质量得到稳步提高。《口腔内科学》课程获国家精品课程。