顺式排列和反式排列的组成都一样,只是排列方式不同,从而引起表型效应的不同,这种现象称为顺反效应(cis-trans effect)。在20世纪40年代中，为了研究基因的分子结构，人们用曲霉菌（aspergillus nidulans）和果蝇进行了许多杂交实验。在曲霉中，发现有的需在培养基中添加腺嘌呤才能生长，即腺漂呤营养缺陷型。当用两个腺嘌呤缺陷型ad16和ad8杂交时，杂种仍缺陷型，这表明ad16和ad8为等位基因；但在许多杂种中出现了约0.14%的野生型，说明ad16和ad8又不象等位基因，遗传上把他们称为拟等位基因（pseudoalleles），即是指表型效应类似，功能密切相关，在染色体上的位置又紧密连锁的基因。们象是等位基因，而实际不是等位基因，二者之间可以发生重组。在上述拟等位基因的杂交实验中，两个拟等位基因都在同条染色体上，另一条同源染色体的相对位置上则排列着野生型基因，表现为野生型，这种排列方式称为顺式排列（cis）；如上述的两个拟等位基因分别位于两条同源染色体上，使两条染色体都是有缺陷的，表现为突变型，这种排列方式称为反式排列（trans）。顺式排列和反式排列的组成都一样，只是排列方式不同，从而引起表型效应的不同，这种现象称为顺反效应cis-trans effect）。