明洪武二十年(1387年)，为防止倭寇骚扰，朝廷派江夏侯周德兴来闽设卫筑城，次年，在沿海增设卫所寨堡。明永乐十八年(1420年)，在三沙海面(即烽火岛)设烽火门水寨，为闽海五水寨之一，隶福建都司，明正统九年(1444年)迁至松山。该水寨设把总1员，佥事、训练、督屯等7员，镇抚数员，由帅府在福建十六卫中考选指挥使充任，嘉靖三十八年(1559年)设分守福宁参将1员，驻福宁城，兼辖水陆，把总亦改由抚按司推荐，所设“钦依把总”直隶都司。北水寨北界浙江蒲门，南界连江濂澳，在霜山(即北礵)、大金、罗浮、箬头邦等要地分设汛地，驻军防守，有官员11名、旗军990名，其中大金所有官员4名、旗军300名。明万历前期(1573～1588年)，分左、右、前、后4哨，按春冬二汛分防官澳、镇下门、嵛山、烽火岛、大金、斗米(属今霞浦、福清县沿海岛屿)等地，有兵员728名。嘉靖末，困倭患严重，招募本地籍士兵，组建左、右两营，曰“土营”，左营驻城西，右营驻城南，分御下浒、闾峡、大金、三沙、黄崎(今福安市下白石镇)、沙埕(今属福鼎县)各寨堡。嘉靖四十一年(1562年)八月，戚继光率浙兵8000人入闽抗倭，平倭后即驻军福宁，称“福宁营”，又叫“浙营”。各营皆由把总分领，遇汛拨兵扎守沿海各地。万历年间(1573～1619年)，增设中哨防守三沙及台山、嵛山两游，配兵1017名，有兵舰61艘。