双向差异凝胶电泳（two dimension difference gel electrophoresis, 2D-DIGE）是一种新出现的荧光标记的定量蛋白质组学技术，比经典的2-DE具有更高的动力学范围和灵敏性。DIGE系统基于荧光差异凝胶电泳（2D.DIGE）技术，是利用电荷和分子量的差异分离蛋白质混合物，并通过多通道激光扫描分析不同蛋白质的第二向SDS-PAGE凝胶图像。DIGE系统结合了新型荧光技术、样品多路技术（sample multiplexing）和图像分析等特有的技术，是一套优于经典的2-DE的完整的系统。DIGE系统的工作流程图见图示。