这种分类方法是根据食用器官的不同进行分类，因为蔬菜生产中必须满足其食用器官发育所需的环境条件，才能得到丰产。而相同食用器官形成时，对环境条件的要求常常很相似。

如根菜类中的萝卜和胡萝卜，虽然它们分别属于十字花科和伞形科，但它们对栽培条件的要求都很相似。

所以这种分类方法对掌握栽培关键技术有一定的意义。

其缺点是有的类别，食用器官相同，而生长习性及栽培方法相差很大，如莴笋和茭白，同为茎菜类，但一个是陆生，一个是水生，其栽培方法和生长习性根本不同。

食用器官分类法可将蔬菜分为以下几类：

1、根菜类 以肥大的肉质根部为产品的蔬菜，可分为

①直根类 以肥大主根为产品

②块根类 以肥大的直根或营养芽发生的根为产品

2、茎菜类 以肥大的茎部为产品的蔬菜

①肉质茎类 以肥大的地上茎为产品

②嫩茎类 以萌发的嫩芽为产品

③块茎类 以肥大的地下茎为产品

④根茎类 以底下的肥大根茎为产品

⑤球茎类 以地下的球茎为产品

⑥鳞茎类 以肥大的鳞茎为产品

3、叶菜类 以叶片及叶柄为产品的蔬菜

①普通叶菜类

②结球叶菜类 形成叶球的蔬菜

③香辛叶菜类 叶有香辛味的蔬菜

4、花菜类 以花器或肥嫩的花枝为产品的蔬菜

①花器类

②花枝类

5、果菜类 以果实和种子为产品的蔬菜

①瓠果类

②浆果类

③荚果类

④杂果类

6、子实体类