石屿门指石屿和银屿之间的水道。宽度在1，500米以上，正当东北季风吹拂，风急流紧，水道浅，深5—16米，礁头较多、不利航行。 晋卿门 在琛航岛和晋卿岛之间，也以深广为特色，故成为浅湖外通重要航道，目前和宣德群岛交通船只多经由此，而入湖作业渔船也以此为主要航道。本航道宽2000米。深达40--50米，以沙底为主，故水道不致因珊瑚生长而淤塞。但退潮急流能把浅湖中珊瑚块带入水道中，这是泻湖海面在退潮时高于外海海面之故。