石万程，字仲升，号轸余。乌石班竹塘人。明万历二十五年(1597)举人，天启二年(1622)进士。初任户部主事，后为九江税官，刻税例于石，令商民自行纳税。又禁苛索，岁额既满，其他税收一律免除。天启五年任徽州知府。方至，所属歙县发生吴养春冤狱事件。吴养春是歙县富户，被族人诬陷，朝廷派锦衣卫逮捕吴氏父子，没收其资产，又穷治株连无辜。徽民愤怒，执火包围锦衣卫寓馆。他为避免事态扩大，赶去劝阻，并遣吏卒乘夜送走锦衣卫。同时，纵吴养春之子逃走，释放受株连的人，尽焚案卷。歙民大欢。黄山产木材，魏忠贤阉党奏年课税银三万两。他偕歙县知县调查，核实税额实不能过万两。思虑正义不能伸张，即封府印授丞，穿上僧衣，走还湘潭。后被魏忠贤削除官籍，贬为平民。

崇祯元年(1628)阉党被除，复被启用为常州知府。属吏以“常例”告知，超收税银．3000两，例归知府。他责斥说：“既说是税，不上缴朝廷，就该用于百姓，何来常例!”不受。四年，以病免职家居。九年，启任杭州知府。海宁吴中彦父子作恶多端，巡抚下令惩办，反被罢官。海宁民大愤，集众围哄吴家。宪司欲坐贫民“叛乱”，兴大狱。石万程到任后逮捕吴中彦，并拒收吴贿银万两，说：“这是他们惯用伎俩，不申国法，我不罢休!”向院司报以极恶，被驳回再审。他又列罪状详申，院司不能夺，卒诛吴中彦。杭人刻印《却金颂》和《殛豕安民录》张贴。贪贿者视其为眼中钉。

时浙江温州、处州沿海一带海盗猖獗，兵备道虚冒兵额，侵吞军粮，兵不能用。温州、瑞安告急，朝廷升石万程为温、处兵备道员。他筑炮台，严巡守，除内谍，绝寇粮。海盗被困月余，请求招抚。乃收寇船40余艘，火器1600件，遣散3000余人，留头目120人分发各防地效力，海疆渐宁。崇祯十三年(164o)辞官归，卒于途中。著有《藕花居文集》等。明亡百余年后，三吴两浙间有驾船来湖南的人还问：石公清官，子孙后代至今还好么?