生物化学胚胎学（biochemical embryology）是对胚胎发育进行生物化学分析的科学，是由胚胎学、生物学、化学交叉而形成的学科。

生物化学胚胎学的研究内容主要是对各类胚胎所有发育阶段的组分和构成进行生物化学分析。