上海市农业科学院作物育种栽培研究所于1960年建立，林木果树研究所于2002年新建，实行一套班子二块牌子。现有职工129人，其中科技人员51人（高级研究人员27人；硕博士16人）。下设：水稻育种研究中心、油菜研究室、果树研究室、农产品保鲜加工中心和植物组织培养、玉米育种、林木引种选育等课题组，以及农业试验场、上海西喔辐照技术有限公司和上海向农农业科技有限公司等科技实体。

该所目前主要从事优质、高产、抗病的水稻、油菜和玉米等作物新品种、新组合选育；林木、果树引进和新品种选育；相关植物生物技术研究；农产品保鲜加工研究和辐照灭菌服务。建所以来，共获省、部级以上科技成果奖65项。其中，国家发明专利1项；国家发明三等奖2项；全国重大科技成果奖5项；上海市科技进步一等奖8项。

近年来，该所以农业科技创新为重点，不断调整研究内容，拓展新的研究领域。在优质杂交粳稻、双低油菜、糯玉米和果树研究方面居国内领先或先进水平。其中沪油系列双低油菜新品种在长江中、下游地区已经成为主栽品种，为优化种植业结构、农业增效和农民增收发挥了重要作用。2002年全国农林科研机构科技竞争力评估为百强研究所之一。