上海海事大学应用数学应用物理研究所研究方向以应用研究为主。主要研究船舶对海洋的污染及监测控制，微机在水域的污染及监控中的应用。另外还从事对海运系统。水运管理企业有关人员进行技术研究与测试。从事油轮静电灾害及防治技术的研究；粉尘静电灾害（港口储运粮食粉尘及其防治技术）的研究，静电涂敷技术船舶静电喷漆和静电除尘技术的研究；静电参数测试技术的研究；协助各海运企业制订油品安全运输的技术规章和技术对策。

下设静电、防污染、应用数学和应用物理4个研究室。