其前身是成立于1997年4月的院生物技术研究中心和院应用生命科学实验室，2001年2月更为现名。为进一步发挥高新技术研究中心在全院乃至全省农业高新技术研究中的核心和技术支撑作用，使之成为全院前沿科学和生物技术研究的“亮点”，2003年8月，省农科院党委按照“高起点、高质量、高标准”的原则，集全院优势对高新技术研究中心的重点学科进行了优化重组。

省农科院高新技术研究中心为“农业部农业动植物遗传改良生物技术重点开放实验室”、“山东省作物与畜禽品种改良生物技术重点实验室”的依托单位。山东省农业科学院博士后科研工作站挂靠本中心。主要研究领域有：作物功能基因组学和转基因分子改良研究；作物重要农艺性状的分子标记和辅助育种技术及遗传改良研究；作物发育过程的基因调控机理研究；植物光合作用及其分子调控机理研究；农林入侵生物成灾机理及调控技术研究；微生物资源的应用技术体系和机理研究；动植物病害生物检测技术及相关试剂盒研制；动物繁殖和品质性状的分子标记及辅助育种技术研究；生物反应器和生物制药等。

省农科院高新技术研究中心一贯注重加强自身人才队伍建设，根据科研工作和学科研究方向的发展需要，本着进一步提高科研队伍总体素质的原则，大力引进和培养人才。现有职工43人，其中研究员9人，副研究员10人，博士生导师3人，硕士生导师6人，12人具有博士学位，13人具有硕士学位，具有博士和硕士学位人员占科技人员总数的73.5%，基本形成了一支年富力强的高层次科研创新队伍，具备了承担国家和省各类重大科研任务的人才条件。

省农科院高新技术研究中心拥有2300平方米的实验楼、600平方米的温室和总值1820万元的现代化仪器设备，能够满足开展功能基因组学、动植物转基因和遗传育种等方面的研究工作。

近年来，省农科院高新技术研究中心先后承担国家“863”、“ 973”、国家自然科学基金、国家科技支撑计划和省部级科研项目62项，其中国家级课题12项。经过近十年的积累和发展，在动植物及微生物生物技术理论研究和开发利用方面，取得一系列重要进展和突破，为今后科研自主创新实现新突破打下了坚实的基础。获奖成果28项，其中省部级以上奖励13项，获得发明专利5项。其中“病毒外壳蛋白基因的克隆及转基因作物研究”获得省科技进步二等奖；“家兔克隆技术研究”获得省科技进步三等奖，填补省内空白；“薯类病毒检测试剂盒研究与开发”被评为山东省十佳国际科技合作项目。发表高层次学术论文130余篇，出版专著9部。培养博士和硕士研究生13名。

省农科院高新技术研究中心始终坚持“开放、流动、竞争、协作”的方针，积极与国内外重点大学、科研院所和科技企业的广泛合作。同时，与CIP(国际马铃薯中心)、CABI(国际应用生物科学中心)等国际农业机构建立了长期的合作关系，促进了国际农业科技交流，提高了中心和省农科院的国际地位。