总体说来，1928年以前，苏联科学界受到意识形态德影响并不十分明显。1928年以后情况就不同了，这是由于反托洛茨基斗争和大规模的肃反运动所导致的。1927年，斯大林和托洛茨基长期以来的权利斗争告一段落，托被开除出党，1929年又被驱逐出境。1928年初，出现了震惊世界的“沙赫特案件”。沙赫特是顿巴斯的一个矿区，苏联保安机关指控矿区中有大批专家蓄意破坏苏联最重要的煤炭工业基地，有五十多名专家被逮捕，其中十一人被判处死刑，从此苏联开始了大清洗运动。现已查明，“沙赫特案件”以及其他类似的所谓反革命破坏案件，全部都是假案，但很多科技人员却因此遭殃。在大清洗中，苏联科学院成为重灾区，共有200多名高级研究人员（包括3名院士）被逮捕，还有更多的人被开除。1929年当局对科学院做的调查认定苏联科学院是：“进行反对苏维埃政权的反革命中心”。由此，当局加强了对科学技术领域的干预。这种干预的第一个大战役是1929年底开始的反对德波拜以及支持他的自然科学家集团的批判。德波拜是1903年加入布尔什维克党的哲学家，1929年当选为苏联科学院院士，曾主编《在马克思主义的旗帜下》。1930年12月代表官方的“哲学和自然科学红色教授学院总部”给他们扣的帽子是“孟什维主义”，“反对马克思主义”，“没有认真地开始进行改造资产阶级科学的工作”，“以自由主义的精神来庇护资产阶级的，而且常常是反动的学者”。