桑卡古托寺位于洛扎县色区政府所在地以南约600料处，海拔3700米，原为噶举派寺院，后改宗格鲁派。桑卡古托意为“九层公子堡。”

11世纪时，米拉日巴修筑了桑卡古托寺和碉楼下的噶哇久尼殿(意为“十二柱殿”)。到16世纪上半叶，噶举派大学者巴哇·祖拉陈哇对该寺进行大规模维修扩建，据说扩建所成的杜康大殿壁画就是祖拉陈哇亲手所绘。

五世达赖时，噶厦规定每一绕迥对该寺进行一次维修。1944年，桑珠寺活佛主持该寺最后一次维修，维修以后桑卡古托寺开始了以格鲁派教法为主的佛事活动。桑卡古托共九层。一、二层分为地下室及储藏室;三、四、五、六、七层为原来的建筑，八、九层是1985年重建的。除一、二层外，各层均供有佛像，各层面积的三分之一均为楼梯部分，梯道左右相错。古堡下的噶哇久尼殿为二层建筑，底层为经堂与佛殿及廊。经堂面宽5间，内立8柱。佛殿为4柱8梁结构。一条封闭回廊环绕佛殿，为早期建筑。