青海大学-清华大学三江源研究院旨在进一步充分发挥清华大学和青海大学的学科优势，加强清华大学和青海大学的科研合作，推动两校的科学研究、学科发展和人才培养，研究三江源生态保护需要迫切解决的问题，提升青海大学服务地方社会经济发展的能力。2010年10月28日上午，青海大学-清华大学三江源研究院成立暨揭牌仪式在青海大学举行。副省长高云龙任研究院理事长。 青海大学-清华大学三江源研究院为隶属青海大学的学术机构，由青海大学和清华大学两校共同发起组成，重点组织两校有关科研团队，联合国内外高校和研究机构的科技资源共同开展三江源科研合作，在三江源生态保护、后续产业发展、公共服务体系建设可持续发展、新能源综合利用及野外台站建设等相关领域开展全面、系统、有针对性的研究，申报国家及省级相关项目和实验研究基地，并通过科学研究培养高层次人才。同时召开学术论坛、举办各类研讨会，出版研究报告，以此推动三江源生态恢复、保护和建设工作、为政府提供咨询服务，力争成为国内知名、国际有一定影响力的研究机构。目前研究院在省科技厅、省教育厅、清华大学的支持下，签定了四方的三江源科研合作协议，设立了三江源专项科研资金；与清华大学协商配备了研究院干部；组织申报了2010年三江源研究院科研项目。