初址在郡治南隅。建于唐贞观年间(627～649年)，称莆田县夫子庙学。开元年间(713～741年)，名臣张九龄为夫子庙学书额。

宋绍兴十九年(1149年)改附于兴化军学，有职事位及显道、式学二斋舍。

元至顺二年(1331年)迁建于城厢薛公池旧址(今莆田县电力公司址)，东庙西学如路学制。讲堂前为两斋舍，以薛公池为泮池。至正二十八年(1368年)奉诏附设小学。

明洪武十六年(1383年)建神厨、神库及宰牲房。洪武二十九年(1396年)建进修堂、会膳堂及米廪。景泰元年(1450年)镇守尚书薛希琏命知县刘比易民房地建教谕宅，知府张澜又易民房地建训导宅。天顺七年(1463年)知县王常易民址3亩建广斋舍。弘治五年(1492年)竖绰楔于街路，匾曰：儒林。并建泮桥于薛公池上。弘治十五年(1502年)设修业、进德二斋舍。嘉靖四十一年(1562年)倭陷府城，焚毁县学舍。嘉靖四十五年(1566年)重建县学。添建启圣祠、敬一亭，有学舍33间，万历三十九年(1611年)置学田。

清乾隆三十六年(1771年)，县学舍毁于火灾，遂以兴安书院为学址。嘉庆元年(1796年)后，县学渐废。