作为国内唯一的跨学科的厌氧微生物专业实验室，微生物中心长期致力于厌氧微生物机理及厌氧消化技术的研究，以及农村沼气技术的应用研究。研究内容除注重厌氧微生物种群分离、特性、生长条件、营养及环境因子，厌氧微生物发酵作用机理等基础性研究外，还特别注意农村实用沼气技术的研究，发掘厌氧微生物在农业生产、工业生产以及农民生活中的作用和潜力。目前做生物中心的研究，已涉及到能源、畜牧、环境、食品、石油、地质、化工等行。形成了多方面、多层次、多渠道、多形式的研究格局。在多年的实践中，微生物中心已形成了自己独特的研究体系和人才队伍，并在国内外同行业产生了一定的影响。其研究工作在国内外同行业处于先进水平。

从“七五”至今，微生物中心已共承担了国家“863”计划。国家科技攻关、国家自然科学基金、部省重点项目60余项，获得国家和部省级的科技成果奖多项，发表科研论文近百篇。

微生物中心收集并保藏了约300株兼性和专性的厌氧微生物。包括产甲烷古菌(Methanogenic Archaea)、厌氧纤维素分解细菌(Cellulolytic Anaerobic Bacteria)、乳杆菌(lactobacillus)、乳链球菌(Streptococcus lactis)。双歧杆菌（Bifidobacterium）、厌氧光合细菌(Anoxygenic Phototrophic Bacteria)、硫酸盐还原细菌(Sulphate Reducing Bacteria)等。在已知的4目、9科、26属产甲烷古菌，微生物中心已收集、整理和收藏了其中18个属、33个种共计167株产甲烷古菌。特别是在甲烷八叠球菌科（Methanosaricinaceae）的8个属中，我们已收集到了除甲烷微球菌属（Methanimicrococcus）外的7个属的菌株。在收集的产甲烷古菌菌株中共有模式菌株14个。目前农业部沼气科学研究所微生物中心已成为国内拥有产甲烷古菌资源最多、生物多样性最丰富的单位。