根据《中共中央、国务院关于内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通知》（中委〔2000〕34号）精神，设置自治区工商行政管理局。自治区工商行政管理局是自治区人民政府主管市场监督管理和行政执法工作的直属机构。自治区工商行政管理局对自治区以下各级工商行政管理机构实行垂直管理。

主要职责

（一）贯彻执行国家有关工商行政管理的方针、政策和法律、法规，研究拟订自治区地方性法规、规章和条例，并组织监督实施。

（二）组织管理全区工商企业和从事经营活动的单位、个人的注册，依法核定注册单位名称，审定、批准、颁发有关证照，并实行监督管理。

（三）组织监督检查市场竞争行为，查处垄断和不正当竞争案件，依照法律、法规打击流通领域的走私贩私行为和经济违法违章行为。

（四）保护消费者合法权益，组织查处侵犯消费者权益案件，组织查处市场管理和商标管理中的经销掺假及假冒产品行为。

（五）组织实施各类市场经营秩序的规范管理和监督。

（六）组织管理经纪人、经纪机构。

（七）组织管理经济合同，组织查处合同欺诈行为，组织管理动产抵押物登记，组织监管拍卖行为。　（八）组织开展对注册商标及商标印制单位的监督管理，申报驰名商标，认定自治区著名商标，查处假冒商标和商标侵权行为。

（九）组织管理广告发布与广告经营活动，依法确认广告经营单位主体资格。

（十）组织管理个体工商户、个人合伙和私营企业、个人独资企业的经营行为。

（十一）负责领导全区工商行政管理工作。

（十二）承办自治区人民政府和国家工商行政管理总局交办的其他事项。