1954年6月18日，江苏省南通市人民检察署成立，次年1月，更为现名。

1966年下半年，该院受“文革”中“造反派”冲击，机关陷入半瘫痪状态。次年5月，该院被军事管制，1968年底，被正式撤消。1978年10月31日，南通市人民检察院依法恢复重建。次年起，管辖新建的南通市城中区、港闸区、郊区3个区检察院。

1983年3月，随江苏省实行“市管县”新体制，南通市人民检察院统辖全市范围内的海安、如皋、如东、南通（1993年更名通州）海门、启东等6县检察院及上述3个区检察院。同年9月，南通市行政区划调整，3个区检察院相应撤并为城区（1991年6月更名为崇川区）、郊区（同期更名为港闸区）两个区检察院。

1995年3月，南通市人民检察院设立派出院??南通市经济技术开发区人民检察院（行使县级人民检察院职权）。

南通市人民检察院恢复重建后，依法逐步建立了刑事检察（侦查监督、公诉）、经济（贪污贿赂）检察、法纪（渎职、侵权）检察、检所检察、控告申诉检察、民事行政检察等六大法律监督体系，并设立相应业务机构。至2003年年底，该院内设包刮上述主要业务机构在内的工作机构20个（含部、局及下属机构，不含合署办公机构）

南通市东濒黄海，南临长江，西接泰州，北靠盐城。“据江海之会，南北之喉”。位于中国“黄金海岸”和“长江黄金水道”结合部。市境三面环水，呈半岛状。全境总面积8000平方公里，其中水域1290平方公里。南通市有6县（市）2区共8个行政区划。

全市总人口780万，其中市区约50万。