顺治元年（1644），明朝的官僚为了逃避覆亡的命运，决定拥立新君。阉党领袖马士英等人拥护明神宗的孙子福王朱由崧，同年五月十五日，福王在南京称帝，年号弘光。弘光政权虽然把“讨贼复仇”做为宗旨，但马士英等人把持朝政，贪赃枉法，热衷于争权夺利。清顺治二年（1645），清军迅速南下，攻克多个城市。弘光帝被迫出奔芜湖。同年五月十五日大臣赵之龙等人献南京城投降；二十二日朱由崧被捕，在北京被处死。弘光政权覆灭。

顺治二年（1645）闰六月，唐王朱聿键称监国于福州，同年闰六月二十七日称帝，改福州为天兴府，历史上把这一年称作隆武元年。隆武政权建立之初，唐王下诏亲征讨伐清军，江浙、安徽、江西各地义军纷起，响应抗清号召。然而军政大权掌握在郑芝龙手里，顺治三年（1646）七月，郑芝龙暗中与清军洽降。把福建让了出来，清军长驱直入。隆武帝逃往汀州，同年八月二十八日被清军追及擒杀，隆武政权灭亡。

清顺治二年（1645）闰六月二十八日，明鲁王朱以海监国于绍兴。鲁王政权建立后，控制浙东绍兴、宁波、温州、台州等地，且凭借钱塘江天险，曾汇兵合攻杭州。但其政权腐败，热衷于与隆武朝争夺皇统。顺治三年六月不战而溃，朱以海出海至舟山。清军迅速平定浙东。该政权建立不到一年即告灭亡。

顺治三年（1646）十一月初二，大臣们拥立朱聿键之弟朱聿为帝，改元绍武。同年十二月十五日，清军攻入广州，朱聿等人都被杀死。绍武政权仅存41天。

顺治三年（1646）十一月初八日，大臣们拥立桂王朱由榔在肇庆称帝，次年为永历元年。永历政权在抗清名将郑成功等的支持下，与大顺、大西等农民军政权联合抗清，支撑台湾及中南、西南数省半壁江山，顺治五年（1648）至顺治九年（1652）收复了南方多个省。但永历朝廷中宦官专权，内讧激烈。顺治十五年（1658）四月，遭到清军主力的攻打。第二年正月永历帝狼狈西奔至缅甸。顺治十八年（1661）吴三桂率清军入缅，同年十二月永历帝被俘。次年四月与其子等被吴三桂缢杀。南明最后一个政权覆灭。