国内首家独立于政府之外，由学者专家组成的研究机构。二零零九年十二月二十八日正式挂牌成立。南京作为民国首都，民国建筑种类多、风格全，富有典型性、独创性和代表性。二零零八年在北京召开的全国城市建筑保护会议上，专家们认为，就重要性上讲，南京仅次于上海。民国建筑如何保护，直接影响到南京城市建设规划，如果处理不好，将会影响到城市文化特色的定性。南京成立民国建筑研究院，将为城市规划和建设提供有力的依据。