南方医科大学心理健康研究所其前身为第一军医大学心理学教研室，2004年跟随第一军医大学整体转制，2005年发展为南方医科大学心理学系，2010年在学系的基础上整合校内各方资源成立南方医科大学心理健康研究所。

研究所多年来长期开展各种人群的心理健康教育与心理咨询服务工作，在军队心理卫生、社会民众和大学生心理卫生、特殊应激情况下心理救援方面进行了不断的探索和努力，通过热线电话、面谈咨询、信函咨询、现场咨询、心理讲座等多种形式为军人、大学生和社会民众解决人际交往、情绪障碍、婚恋家庭问题、神经症、精神疾病的早期鉴别与治疗等各种心理问题，促进人格完善和心理健康水平的提高。在心理咨询与治疗方面积累了丰富经验。

主要开展的服务项目包括：（1）心理咨询和治疗：个体/团体心理咨询和治疗；（2）心理评估：能力与智商评估、人格心理评估、心理健康评估、职业心理评估、儿童青少年心理及家庭功能评估；（3）企业EAP服务。（4）心理培训等。