木雅古瓦寺位于康定县沙德乡俄巴绒二村，始建于1556年，是由二世达赖喇嘛的弟子，也是阿里古国王子岗日丹巴尼玛建立。现任寺主木雅·曲吉建才，1947年生，年四岁时被认定为木雅·香仲第九世活佛的转世灵童。

该寺在历史上也曾出现过许多大学者，其中包括93世、95世的甘丹赤巴两位法王，3位哲蚌寺学院级的堪布大师，哲蚌寺全寺领经师1位，学院级别领经师1位，小昭寺上密宗学院贡品制作师1位等，第八世寺主为西康省主席刘文辉的上师。18世纪初，大师在惠远寺由我寺第三世活佛陪同辅佐。目前寺院有200僧人，其管辖的寺院包括康定县朋布西乡孜钦曲林尼姑寺、呷巴冷古寺、九龙县久思寺、道孚县扎巴卡托寺等，僧尼达300人。此世木雅活佛于11岁时，在拉萨哲蚌寺学习五明，在学习期间不仅自己遭到了迫害，下乡改造学习了7年，家乡的寺院更是在接连遭受了“四清”运动，在文化大革命中受到严重的破坏，可以说整个寺庙的房屋被夷为平地。

1978 年国家宗教政策落实，正常的宗教活动得以恢复，1983年木雅活佛也如愿回到离别25年的寺院，此后他号召和带领当地的老百姓，凭借自己的建筑方面的天赋和才能，在没有任何外来资金的帮助下，恢复重建了整个寺院大殿等一系列佛堂。然而，由于资金、交通等各方面的限制，古瓦寺佛学院一直没有得以恢复，在1992年获得了重新恢复佛学院名誉的政府红头批文,实现了合法的地位。