环境监测中心站职责：负责对全市各种环境要素的质量状况进行经常性监测，分析、收集、储存和整理监测资料；负责对全市各污染源所排污染物进行定期或不定期监测，为环境管理提供依据；负责全市环保产品的质量监督检测，排污申报的技术评审；负责全市环境污染纠纷的技术仲裁。

办公室职责：负责全站党政工作的组织协调，文件、文秘的处理分发工作，负责财务管理、后勤、安全、防火、保密、计划生育等行政事务管理工作。

技术综合室：负责全市环境质量监测数据的统计、分析、汇总、存档和上报，负责编写《牡丹江市环境监测年鉴》、《环境质量报告书》、《牡丹江市重点工业污染源污染状况报告书》。

质量控制室：负责国家《环境监测技术规范》的组织实施工作；负责环保产品的质量监督、检测，排污申报的技术评审；负责全市环境监测网络的建设和指导工作。

大气监测室：负责对大气环境质量的经常性监测和分析、评价；对大气污染源的监视性监测和大气污染防治设施验收监测；降尘、降雨的经常性监测；负责大气污染纠纷、污染事故的信访工作。

水质监测室：负责对全市地面水、地下水水质的经常性监测和分析、评价；负责对饮用水源地水质的监督性监测；负责水治理防治设施验收监测；负责水污染纠纷、污染事故的信访工作。

生物监测室：负责全市地面水中大肠菌群、细菌总数、浮游动植物等控制因子的监测；负责环境质量生物学评价；负责农药、化肥残留量测试和生物体残毒分析；负责鱼类等水生动植物监测；负责医疗废水防治工程验收监测。

物理监测室：负责市区交通噪声、工业噪声、建筑施工噪声、社会生活噪声监测；负责噪声功能区及区域环境噪声监测和评价工作；负责机动车尾气监测；负责

噪声污染防治工程验收监测；负责噪声污染纠纷和事故的信访工作。

监察监测室：负责排污收费监测；负责污染防治设施监督监测；负责紧急事故监测；负责许可证制度监测及日常监测。