2008年末，本系列第三部——游戏魔法少女アイ3推出。本游戏被寄予极大期望，然而事实却令所有粉丝大失所望。全游戏只有14张CG（7张新图，5张差分图，2张旧图），完全解压后不到500M（前两部游戏是1.3G和1.1G)，XX场景一律黑屏。该作被玩家称为黑洞级核（防）弹、魔法少女·惨（魔法少女·参的吐槽），在日本大多数游戏店已经下架。官方对此已表示道歉，并且承诺在今年2月28日发出资料片。该作剧情目前尚不知晓。资料片情报目前也未知。

魔法少女アイ参动画

今年1月末至5月末，魔法少女アイ3动画（共三集）陆续推出，剧情延续第二部。目前对此动画的评论褒贬不一。

剧情简介：

第二部最后凛击退了辛和麻由，救出了莎（以上为推测）。第二部结束后的1年时间里，爱留在了秋俊家，继续消灭城市里的触手怪，同时寻找辛和麻由的行踪。凛也做着同样的工作，但因为感情问题没有和爱在一起。辛和麻由一直在暗中活动，企图召唤魔物征服世界，最终计划被莎奋不顾身的方式破坏。在最后的决斗中，爱、辛、麻由下落不明。

由于第二部游戏并未改编成动画，所以本作和第一部动画存在剧情上的断层。