明洪武元年(1368年)，朱元璋建立明朝。是年正月，攻克福建。洪武二年，改兴化路为兴化府，废录事司，4厢地复归莆田县，辖县不变。正统十三年(1448年)，裁革兴化县，兴化府领莆田、仙游2县。

明朝建官设职辨其品，府官不分府之大小，衙门官员全设，其官皆专职，不以他职带本衔。

明兴化府额设府官4员：

知府1员，总管郡政。凡学校、农桑、户口、赋役、仓库、钱粮、狱讼、盗贼，轻重政务，无所不管；凡境内有军民利病及部属官员贤否得失无不周知。其官正四品。

同知1员，佐知府理庶务(以清理军匠为主)，凡本府发行文书同签押。其官正五品。

通判1员，佐知府理庶务(以管督粮饷为主)，凡本府发行文书同签押。其官正六品。

推官1员，职掌刑名，凡本府授受一应词状必须先送本衙问疑，之后送府圆审发落。凡本府发行文书同签押。其官正七品。

经历司司官2员：经历1员，照过本府出入文书，查举一应轻重政务，报府堂施行；知事1员，佐经历以理司事。

照磨所官2员：照磨1员，其职主磨勘按季照刷本府文卷，每日公文出入皆附簿勾销，分缓急处理，文书中字样有差错，允许圈注，不许涂改。检校1员，佐照磨以磨勘为事。

司狱司司狱1员，掌管本府一应囚犯。

儒学官5员：教授1员，总管学事，尊奉卧碑，提调学校官，教训生徒务令学习礼、义、廉、耻、孝悌、忠信等事；肄习课业、讲论经史、推补官员名缺、主持本府考试。训导4员，分教四斋生员，教法与教授同。

阴阳学正术1员，领阴阳生推测阴阳，以受民事；掌铜壶刻漏，以定昏晓。

医学正科1员，领医生医治官吏及一应军民人等疾病。

税课司大使1员，掌收商税门摊等项钞钱。

杂造局官2员：大使1员，掌岁造弓箭缎匹等项。副使1员，佐大使理局务。

僧纲司官2员：都纲1员，统领本府众僧焚修祝圣。副都纲1员，佐都纲领众僧。

道纪司官2员：都纪1员，统领本府各道士焚修祝圣。副都纪1员，佐都纪领众道士。

大有仓官2员：大使1员，收支本仓税粮。副使1员，佐大使管仓。

平海仓副使1员。

府属河泊所官1员，掌收办鱼课米。

莆阳马驿驿丞1员，掌夫役、马匹供应等事。

明兴化府设有六房，各房置典吏、司吏若干人掌管事件：

吏房，设司吏1员、典吏2员，管理本府人事，负责官规官制。户房分为二科：钱粮科设司吏1员、典吏2员，管理钱、粮、赋税、仓库；杂科设司吏1员、典吏2员，管理户口、田地、农桑。礼房设司吏1员、典吏2员，掌管文童考试、祭祀、学校贡举、婚姻案件等。刑房设司吏1员、典吏2员，掌管刑事案件。兵房分二科：勘合科设司吏1员、典吏2员，奉兵部勘合清理军务，编充清退卫军兵员；杂科设司吏1员、典吏2员，掌管工役、差役等事。工房设司吏1员、典吏2员，掌管织造、碾磨、城建、路、桥、陂、堤劳务等事。

此外，除僧纲、道纪、阴阳、医学不置吏外，其他衙门皆一官一吏或二吏，凡事官定夺处分，吏掌行文书。