密宗经院建于1649年，学僧在这里研密宗教义。密宗，又称秘密教职工。修持法提倡密法，是通过直接传授三密大法，即身密、口密、意密三者有机结合达到佛界意境，这就是“即身成佛”。供奉的主要本尊有密集、乐胜、大威德等三大金刚。此外，还学习各种坛城的画线、塑立知识以及密宗的有关手势、舞姿、乐器吹奏方法等。
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