马尾区档案馆成立于1985年5月，福州开发区档案馆成立于1990年3月，1992年底福州市马尾区与福州开发区两区合并，两区档案馆也同时合并。1999年12月区委批准的"三定方案"明确区档案局、馆一个机构两块牌子，作为区委直属事业机构，履行两种职能，规格为正科级，内设综合科、监督指导科、保管利用科三个科室，事业编制9名，领导职数：局（馆）长1名，副局（馆）长2名，科室领导3名。

主要职能：

l、贯彻实施《档案法》及档案工作的法律、法规和方针、政策，进行行政执法监督；制定实施全区档案事业发展规划和档案工作的规章制度。

2、调查处理违法案件，监管对国家和社会具有保存价值或应当保密的集体和个人的档案。

3、对全区各机关、团体、企事业单位和其他组织、重点项目的档案工作进行监督和指导，审查制定区级各专业系统的档案管理办法，组织全区档案信息资源开发工作。

4、集中统一管理区级各机关、团体及其所属单位的档案资料，保守党和国家的机密，维护档案的完整，确保档案安全。

5、负责接收区级各机关。团体及其所属单位的档案资料，研究并组织实施馆藏档案的保管、整理。编目、统计、鉴定、解密、利用、开放等工作；征集本区散失在国内处的档案资料；做好档案史料的编辑出版工作；推进档案工作的科学管理和现代化建设，为社会各方面提供服务。

6、组织并指导全区档案理论和科技研究、档案保护、档案教育、档案宣传以及档案干部的培训工作。