民国2年(1913年)5月30日，海军部呈准以马尾暂作军港，呈文指出在中国北、中、南(即山东威海、福建三都、海南榆林)三大军港未修建之前，或即使修建，而尚未完工前，在不得已情况下，必须择其业经修筑略具规模而适于为军港者，暂定为军港。呈文认为福建马江形势尚佳，暂作军港，实相适应。暂特设马江镇守使一官，由大总统简任海军中、少将阶级军官驻守其地，掌军港一切职务。其地定作军港后，闽省沿海一带炮台要塞均应归海军直辖，由该镇守使管理。同年6月10日，海军部函告国务院，同意将马尾军港镇守使改为军港司令，同时坚持不称马尾要港而称马尾军港。民国3年11月24日，海军部拟定，以大总统令公布《海军军港司令处条例》(简称军港条例)共30条，司令处设中、少将级司令1名，上、中校级参谋长1名，参谋长以下军官20多名。《军港条例》规定军港司令及其领导下的司令处指挥要塞区和驻港舰艇、岸防部队等，对军港所属防区内的防御设施建设、警备体制、管制进出港口的中外船舶、战备训练、后勤和医疗保障等方面进行监控。军港条例对司令处各部门、各职员的职掌作了规定。

马尾海军警备司令部

民国12年，海军占据厦门后，成立海军闽厦司令部，统一指挥驻扎在福建的海军各部队，马尾军港司令处被其取代，民国16年12月，改海军闽厦警备司令部为宁(德)福(州)警备司令部和漳厦警备司令部，前者设在马尾，通称马尾海军警备司令部，后者设在厦门，又称厦门海军警备司令部。

马尾海军警备司令部管辖闽江长门要塞和海军陆战队两个混成旅，以及海军驻马尾各部队、军事学校、军用造船厂、后勤部门等。警备司令部配少将级军官1名，下设参谋、秘书、副官、军务、政务、军械、军需、军法等处，在闽江设马江查验处，检查过往船舶，在沿海一带设立名为保安局的护渔机构，兼征收渔税、盐税、渔网税等。

为了控制割据地盘的经济命脉，统筹驻闽海军军饷，民国13年3月，闽系海军在马尾设立海军支应局，在三都和厦门设立分局。马尾海军支应局直辖福清、长乐、连江、平潭、永泰等县的捐税征收，在各县设立办事处，所得捐税分别解送马尾海军警备司令部和厦门海军警备司令部，充作军费。